W skład Sieci obszarów Natura 2000 wchodzą:
- obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) – określone na podstawie „Dyrektywy 92/409/EWG w sprawie ochrony dzikich ptaków”. Dyrektywa Ptasia nakazuje ochronę przed wyginięciem wszystkich populacji ptaków występujących w stanie dzikim. 
- Specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO) – określone na podstawie „Dyrektywy 92/43/EWG w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory”. Dyrektywa ta została przyjęta kilkanaście lat po Dyrektywie Ptasiej.

Głównym założeniem wyznaczenia OSO jest utrzymanie bądź dostosowanie populacji gatunków ptaków na poziomie odpowiadającym wymaganiom ekologicznym, naukowym i kulturowym. Uwzględnia się przy tym warunki ekonomiczne i rekreacyjne (prawne regulacje handlu i odłowu ptaków, przeciwdziałanie pewnym metodom i odłowu i zabijania).
Metody skutecznej ochrony ptaków to:
- wprowadzenie zakazów w stosunku do działań odnoszących się do ptaków;
- ochrona siedlisk;
- ograniczenie introdukcji gatunków obcych;
- ustalenie zasad i ograniczeń dotyczących gospodarczego i rekreacyjnego wykorzystania ptactwa;
- kontrola prowadzonych zadań ochronnych, a w razie nieskuteczności działań – modyfikacja stosowanych metod.
Dyrektywa Ptasia składa się z 19 artykułów i 5 załączników, które określają dokładnie metody jej realizacji.
Zał.1 – lista gatunków (180 gat.) o znaczeniu europejskim, objętych „specjalną troską”;
Zał. 2 – gatunki, na które wolno polować;
Zał. 3 – gatunki i zasady ich sprzedaży, transportu, handlu;
Zał. 4 – lista urządzeń, sposobów lub metod stosowanych do chwytania lub zabijania ptaków;
Zał. 5 – proponowane badania i prace, które umożliwiałyby podjęcie właściwych środków  ochrony.
Głównym zadaniem Dyrektywy Siedliskowej jest ochrona siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków w stanie sprzyjającym ochronie ich naturalnych zasięgów lub tam gdzie to stosowane – odtworzenie takiego stanu. Podstawą ochrony siedliska ma być utworzenie sieci Natura 2000. Ochrona siedlisk ptaków, nakazana przez Dyrektywę Ptasią, ma być realizowana w ramach sieci Natura 2000. Na obszarach, które położone s a między terenami objętymi siecią, nakazuje się takiego zagospodarowania tych terenów aby zachować ekologiczna spójność sieci. Państwa członkowskie są zobowiązane do prowadzenia monitoringu stanu siedlisk i gatunków. Specjalne Obszary Ochrony będą kontrolowane pod kątem realizacji działań. W odniesieniu do ochrony gatunkowej dyrektywa zawiera spis zakazów,  w celu ustanowienia systemu ochrony ścisłej gatunków wymienionych w załącznikach Dyrektywy Siedliskowej, poza ptakami, które to są objęte Dyrektywą Ptasią. Dokument określa również zasady ścisłej ochrony wybranych gatunków roślin (zał.), stosowania odstępstw od ochrony gatunkowej i kontroli ich wykorzystania.
 Dyrektywa Siedliskowa podobnie jak Dyrektywa Ptasia określa również warunki upoważniające do zmiany przepisów prawnych w ochronie gatunkowej, reguluje sprawy raportów, udostępniania informacji, badań naukowych.
 Dyrektywa Siedliskowa składa się z 24 artykułów oraz 5 załączników, które określają dokładnie metody jej realizacji:
Zał. 1 – typy siedlisk przyrodniczych, których ochrona wymaga wyznaczenia (SOO);
Zał. 2 – gatunki roślin i zwierząt, których ochrona wymaga wyznaczenia SOO;
Zał. 3. – kryteria wyboru obszarów kwalifikujących się do oznaczenia ich jako SOO;
Zał. 4 – gatunki roślin i zwierząt, które wymagają ścisłej ochrony;
Zał. 5 – gatunki roślin i zwierząt wymagających ochrony, których pozyskiwanie ze stanu dzikiego i eksploatacja mogą podlegać zabiegom gospodarczym.

Obszary Natura 2000 w Polsce:

Specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO) zajmują ok. 20% powierzchni województwa.
Zestawienie tabelaryczne SOO przedstawia się następująco