Ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk, gatunków rzadko występujących, edemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.

Gatunki mogą być objęte ochroną całkowitą (ochroną ścisłą), która polega na zakazie ingerencji człowieka w warunki życia organizmów, bądź ochroną częściową, gdzie gatunki mogą być pozyskiwane w niektórych okresach roku, a ma to na celu zapobieżenie ich nadmiernej eksploatacji gospodarczej.

„W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalone strefy ochrony”.
Minister właściwy do spraw środowiska określa w porozumieniu z odpowiednimi Ministrami w drodze rozporządzenia:
a) gatunki dziko występujących grzybów, gatunki dziko występujących roślin i zwierząt z wyszczególnieniem gatunków wymagających ochrony czynnej.
b) gatunki dziko występujących grzybów, roślin i zwierząt objętych ochroną częściową.
c) gatunki dziko występujących grzybów, roślin i zwierząt objętych ochroną częściową, które mogą być pozyskiwane, oraz sposoby ich pozyskiwania
d) gatunki dziko występujących grzybów i roślin, wymagających ustalenia stref ochrony ich ostoi lub stanowisk, gatunki dziko występujących zwierząt wymagających ustalenia stref ochrony ostoi, miejsc rozrodu lub regularnego przebywania.
e) gatunki dziko występujących ptaków, które mogą być sprzedawane, transportowane i przetrzymywane w celach handlowych, jeżeli zostały legalnie upolowane.
f) Zakazy właściwe dla poszczególnych gatunków lub grup gatunków grzybów, roślin i zwierząt wybrane spośród zakazów ogólnych dotyczących wszystkich gatunków chronionych, i odstępstwa od zakazów, wybrane spośród odstępstw ogólnych.
g) Sposoby ochrony gatunków, w tym wielkość stref ochrony.

Wojewoda może w drodze rozporządzenia obejmować ochroną gatunkową na terenie województwa (na czas ograniczony) gatunki, które nie zostały ujęte w rozporządzeniu ministra.